昨天看了《惊天营救》，今天又是本片，看来这段时间都是雷神的戏……

2016年，巴黎，H探员随T老大至埃菲尔铁塔擒拿蜂兽……

20年前，莫莉还是小女孩时，一个外星动物塔伦吉闯入房间，并解救了它；两个MIB探员来到家中探寻，使用消除记忆的设备时忽略了楼上的莫莉，使莫莉知道了MIB机构的存在……

长大后，莫莉报名入聘CIA时，声称要加入MIB，被招聘官员视为疯子而将其驱离……莫莉没有死心，黑入太空伽利略望远镜，侦讯到一外星生物入侵地球时，赶到MIB探员出警擒拿外星生物的地点，成功跟踪MIB探员混入其总部，并聪明得展示自己的才华，使总部将其招募为MIB探员实习生，绰号M特工，并派遣其至伦敦培训中心报道……

H探员在伦敦执行公务打击一个外星地下俱乐部时，失手被外星三头蛇咬中大腿；为了获得解药，被迫和外星女人睡了一觉……

这时，北非马拉喀什被非法的天龙座双子星人入侵，准备谋杀贾巴宾的皇室成员冯古斯。MIB伦敦支部的T老大向属下讲解，天龙座本是蜂兽的领地，双子星人是二联体生物，其DNA里充斥着蜂兽的变异，所以会像蜂兽一样侵入其他生物体内、并里至外控制住寄主。T老大决定保护冯古斯，派遣H探员前去保护，M探员自告奋勇当上了H探员的助手……

遗憾的是，H探员并没保护好冯古斯，让两个双子星人把冯古斯谋杀了，并成功逃脱……之前，冯古斯与H探员接触后，意识到H探员变了(可能是其与外星女人睡觉的缘故)，所以不相信H，临死前，将一藏有贾巴宾军事机密的宝石交给了M，并告知M，MIB内部有内奸，——因为只有MIB的人知道它的身份和住址，双子星人能找到它，显然有内奸出卖……

回到伦敦支部，T老大迫切想知道双子星人为何要谋杀冯古斯，但H却一无所获；所以，根据13条章程，——对于有重大失败的探员要执行消除记忆、踢出MIB，C探员决定要消除H与M的记忆。危机时刻，M想起冯古斯的话，向T老大道出MIB有内奸的可能。T老大欣赏M的精明，不仅原谅了H，还重新让H与M调查此事……

令T老大可疑的是，C探员获知M拿有贾巴宾宝石的消息后，没有告诉T老大，自作主张派遣人马去抓捕H与M,使T老大深信内部有内奸，偷偷告诉H，让其迅速逃离……

H与M逃离到沙漠，发现贾巴宾宝石居然是压缩版的核聚变武器，能发出惊人的能量光束；但不幸的是，这个武器被藏在水杯里的胡子生物给偷走了……

H知道胡子会把武器交给意大利那不勒斯的女军火商丽扎，就和M一同用计抢夺武器，——只不过事情进展不利，H被外星塔伦吉人痛扁一顿，只能等死。这时，M认出这个塔伦吉人就是她小时候救的塔伦吉，使二人化险为夷……

H与M刚要离开丽扎的堡垒时，两个双子星人赶来抢夺武器；恰巧此时T老大出现，将两个双子星人杀死，并把武器带走……

但是，H与M马上意识到，T老大才是内奸，所谓的双子星人有变异的蜂兽DNA不过是其编造的谎言，双子星人夺取武器的目的可能是为了保护其星球而迫不得已为之……

原来，T老大被外星生物侵入体内并控制住了，准备利用埃菲尔铁塔出现的虫洞将外星生物迁移至此，统治整个星球；之前H随T老大消灭蜂兽的事也属T编造的谎言，当时H被T清除了记忆……

消灭掉虫洞、拯救整个地球后，M被正式录用为MIB探员，H也被升职为伦敦支部实习主管……